Sebelum meninggal, Azyumardi sempat akan dipindahkan ke sebuah rumah sakit di Kuala Lumpur.
Dikutip dari Antaranews, Azyumardi datang ke Malaysia untuk menghadiri undangan dari Angkatan Belia Islam Malaysia (ABIM) dalam Konferensi Internasional Kosmopolitan Islam di Selangor, pada 17 September. Azyumardi dijadwalkan menjadi salah satu pembicara dalam konferensi tersebut.