Apa yang terjadi pada samurai penjelajah ketika ia kembali ke Jepang pada tahun 1620 tidak diketahui, diperkirakan dieksekusi karena mempraktikkan keyakinan barunya.
Hasekura Tsunenaga meninggalkan enam samurai untuk tetap tinggal di Coria del Río, dekat Seville, Spanyol. Hingga kini, masih ada keturunan Jepang tersebut di sana. .
Dia akan menjadi pengunjung terakhir ke Barat dari Jepang sampai Keshogunan Tokugawa mengirim apa yang disebut "Kedutaan Besar Jepang Pertama ke Eropa" pada tahun 1862, lebih dari 200 tahun kemudian.***